高中生侦探工藤新一和两小无猜的同窗毛利兰一同去游乐园玩的时分，目睹了黑衣女子的可疑买卖现场。只顾偷看买卖的工藤新一，却疏忽了从面前接近的另一名同伙。他被那名女子灌下了毒药，当他醒来时，身体竟然减少了！假如让那些家伙晓得工藤新一还活着的话，不只性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决议隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，爲了搜集那些家伙的情报...

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父...